El Museo cuenta con algunos de los elementos de la arquitectura de paisaje que se caracteriza por integrar espacios verdes a la construcciones. Por ello podemos observar 20 especies de árboles y plantas de origen mexicano como la Dalia, el Maguey o el Tecojote; también encontramos Bugambilias, Alcatraces, Pinos, Naranjos y Pirules; variedades botánicas que no son originarias de México, sin embargo, se han adaptado de tal manera a nuestro clima y zonas geográficas que ya se les considera mexicanas.
En los jardines se podrán encontrar diversas especies animales, entre las que destacan por su origen prehispánico el hueyxolotl (guajolote) y el perro Xoloitzcuintle; su presencia se manifesto principalmente en la cultura azteca. Es una especie canina en vias de extinción, se caracteriza por la falta de premolares, es dócil y carece de pelaje, además es de piel delicada.